Балл 0
Дата внесения публикации в базу 21-07-2021 09:17 не попадает в период стимулирования 01-06-2023 – 31-05-2024
КБПР (данная функция работает в тестовом режиме) 0.333
Количество соавторов публикации - 3
Публикации в изданиях, индексируемых в SCOPUS и не индексируемых в Web of Science (Proceedings Paper), K=1
Публикации в изданиях, индексируемых в SCOPUS и не индексируемых в Web of Science (Proceedings Paper), K=1
-
Водясова Е. А.: количество аффилиаций - 1, вклад в КБПР публикации:
формула: K/(Nсоавторов*Nаффил) = 1/(3*1) = 0.333
Материалы конференции
Impact of sequencing data filtering on the quality of de novo transcriptome assembly
| DOI | https://doi.org/10.1051/e3sconf/202127001014 |
|---|---|
| Язык | Английский |
| Конференция | International scientific forum on computer and energy Sciences (WFCES 2021) Место проведения: Almaty, Kazakhstan Даты проведения: May 20-21, 2021 |
| Год публикации | 2021 |
| Сборник | E3S Web of Conferences |
| Выходные данные | 2021. Vol. 270. Article 01014 (10 p.) |
| Авторы | |
| Абстракт | There are many assemblers with different algorithms that are used for de novo transcriptome assembly. At the same time, the filtering stage, which is one of the key stages, also has several approaches and algorithms. However, to date, there are only few studies on the effect of the degree of filtration on the de novo transcriptome assembly, specially for single-end reads. In this paper, we analyzed transcriptomes obtained using two of the most common software (rnaSPADES and Trinity), and also applied various approaches to the stage of filtering reads. The key differences between the two assemblies were shown and the parameters that were sensitive to the degree of filtering and the length of the input reads were identified. An efficient two-stage filtering algorithm was also proposed, which allows one to preserve the volume of input data as much as possible with the required quality of all reads after filtering and trimming. |
| Сведения о финансировании, указанные в публикации | |
| URL | https://www.e3s-conferences.org/articles/e3sconf/abs/2021/46/e3sconf_wfces2021_01014/e3sconf_wfces2021_01014.html |
| Дополнительные сведения |
Запись создана: 21-07-2021 09:17
Последнее изменение: 21-07-2021 09:21
Библиографическая ссылка:
Meger Ya., Vodiasova E., Lantushenko A. Impact of sequencing data filtering on the quality of de novo transcriptome assembly // E3S Web of Conferences. 2021. Vol. 270. Article 01014 (10 p.). https://doi.org/10.1051/e3sconf/202127001014
[SCOPUS]
Meger Ya., Vodiasova E., Lantushenko A. Impact of sequencing data filtering on the quality of de novo transcriptome assembly // E3S Web of Conferences. 2021. Vol. 270. Article 01014 (10 p.). https://doi.org/10.1051/e3sconf/202127001014
[SCOPUS]
Экспертное заключение: № 356, 2020
Индексация на момент включения в базу:
Web of Science
Web of Science
- Статус
- Нет
- Статус
- Да
- Импакт-фактор/Квартиль(год)
- –/– (–)
- Идентификатор
- 2-s2.0-85108309252
- Статус
- Нет
- ID
- –
- EDN
- –
В публикации указано госзадание:
№ 121030100028-0 «Закономерности формирования и антропогенная трансформация биоразнообразия и биоресурсов Азово-Черноморского бассейна и других районов Мирового океана» (предыдущий номер АААА-А18-118020890074-2)