Балл 0
Дата внесения публикации в базу 20-09-2020 13:15 не попадает в период стимулирования 01-06-2023 – 31-05-2024
КБПР (данная функция работает в тестовом режиме) 0
Количество соавторов публикации - 3
Публикация не попадает под расчет КБПР
Публикация не попадает под расчет КБПР
-
Водясова Е. А.: количество аффилиаций - 1, вклад в КБПР публикации:
формула: K/(Nсоавторов*Nаффил) = 0/(3*1) = 0
Статья в периодическом издании
Влияние степени фильтрации данных секвенирования на качество и полноту de novo сборки транскриптома
РИНЦ 0.060
| DOI | |
|---|---|
| Язык | Русский |
| Журнал | Актуальные вопросы биологической физики и химии ISSN: 2499-9962; Онлайн ISSN: – |
| Год | 2020 |
| Выходные данные | Том: 5, Номер: 4, Страницы: 580-586 |
| Авторы | |
| Даты |
Поступила в редакцию: 01.08.2020 |
| Абстракт | Для сборки de novo транскриптома существует множество сборщиков, которые имеют различающиеся алгоритмы. В тоже время этап фильтрации, являясь одним из ключевых, также имеет несколько подходов и алгоритмов. Однако, на сегодняшний день работ по изучению влияния степени фильтрации на сборку de novo транскриптома крайне мало. В данной работе были проанализированы транскриптомы, полученные с помощью двух наиболее распространенных программ (rnaSPADES и Trinity), а также применены различные подходы к этапу фильтрации прочтений. Были показаны ключевые различия для двух сборок и выявлены параметры, которые оказались чувствительными к степени фильтрации и длине входных прочтений. Также был предложен эффективный алгоритм фильтрации, который является двухэтапным и позволяет максимально сохранить объем входных данных при необходимом качестве всех прочтений после фильтрации и обрезки. Ключевые слова: rnaSPADES, Trinity, сборка de novo транскриптома, RNA-seq, фильтрация прочтений |
| Сведения о финансировании, указанные в публикации | |
| URL | |
| Дополнительные сведения |
Запись создана: 20-09-2020 13:15
Последнее изменение: 05-04-2024 12:45
Библиографическая ссылка:
Мегер Я. В., Лантушенко А. О., Водясова E. A. Влияние степени фильтрации данных секвенирования на качество и полноту de novo сборки транскриптома // Актуальные вопросы биологической физики и химии. 2020. Т. 5, № 4. С. 580-586.
[РИНЦ 0.060]
Мегер Я. В., Лантушенко А. О., Водясова E. A. Влияние степени фильтрации данных секвенирования на качество и полноту de novo сборки транскриптома // Актуальные вопросы биологической физики и химии. 2020. Т. 5, № 4. С. 580-586.
[РИНЦ 0.060]
Экспертное заключение: № 356, 2020
Индексация на момент включения в базу:
Web of Science
Web of Science
- Статус
- Нет
- Статус
- Нет
В публикации указано госзадание:
№ 121041400077-1 «Функциональные, метаболические и токсикологические аспекты существования гидробионтов и их популяций в биотопах с различным физико-химическим режимом» (предыдущий номер АААА-А18-118021490093-4)