Балл 0
Дата внесения публикации в базу 15-03-2022 11:00 не попадает в период стимулирования 01-06-2023 – 31-05-2024
КБПР (данная функция работает в тестовом режиме) 2.5
Количество соавторов публикации - 4
Публикации в изданиях, индексируемых в Web of Science Core Collection: Q2, K=10
Публикации в изданиях, индексируемых в Web of Science Core Collection: Q2, K=10
-
Кривенко О. В.: количество аффилиаций - 1, вклад в КБПР публикации:
формула: K/(Nсоавторов*Nаффил) = 10/(4*1) = 2.5
Статья в периодическом издании
Isolation and transcriptome analysis of a biotechnologically promising Black Sea protist, Thraustochytrium aureum ssp. strugatskii
| DOI | https://doi.org/10.7717/peerj.12737 |
|---|---|
| Язык | Английский |
| Журнал | PeerJ ISSN: 2167-8359; Онлайн ISSN: – |
| Год | 2022 |
| Выходные данные | Выпуск: 10, Статья: e12737, Страниц (электронный ресурс): 19 |
| Авторы | |
| Даты |
Поступила в редакцию: 01.12.2020 Принята к публикации: 13.12.2021 Опубликована: 09.03.2022 |
| Абстракт |
Background
Marine protists are an important part of the ocean ecosystem. They may possess unique sets of biosynthetic pathways and, thus, be promising model organisms for metabolic engineering for producing substances for the pharmaceutical, cosmetic, and perfume industries. Currently, full-genome data are available just for a limited number of protists hampering their use in biotechnology.
Methods
We characterized the morphology of a new cultured strain of Thraustochytriaceae isolated from the Black Sea ctenophore Beroe ovata using phase-contrast microscopy. Cell culture was performed in the FAND culture medium based on fetal bovine serum and DMEM. Phylogenetic analysis was performed using the 18S rRNA sequence. We also conducted a transcriptome assembly and compared the data with the closest species.
Results
The protist belongs to the genus Thraustochytrium based on the 18S rRNA sequence analysis. We designated the isolated protist as T. aureum ssp. strugatskii. The closest species with the genome assembly is Schizochytrium aggregatum. Transcriptome analysis revealed the majority of the fatty acid synthesis enzymes.
Conclusion
Our findings suggest that the T. aureum ssp. strugatskii is a promising candidate for biotechnological use. Together with the previously available, our data would allow the establishment of an accurate phylogeny of the family Thraustochytriaceae. Also, it could be a reference point for studying the evolution of the enzyme families.
Ключевые слова: Thraustochytrium, fatty acids, RNA-seq, transcriptome assembly, marine protists |
| Сведения о финансировании, указанные в публикации | The Ministry of Education and Science of the Russian Federation, grant 2019-0546: FSUS-2020-0040. The Laboratory of Marine Biodiversity and Functional Genomics: 14.W03.31.0015. IBSS GA: 121030100028-0. |
| URL | https://peerj.com/articles/12737/ |
| Дополнительные сведения |
Запись создана: 15-03-2022 11:00
Последнее изменение: 22-12-2023 09:32
Библиографическая ссылка:
Konstantinov D. K., Menzorov A., Krivenko O., Doroshkov A. V. . Isolation and transcriptome analysis of a biotechnologically promising Black Sea protist, Thraustochytrium aureum ssp. strugatskii // PeerJ. 2022. Iss. 10. Article no e12737 (19 p.). https://doi.org/10.7717/peerj.12737
[WoS 2.984/Q2][SCOPUS 0.927/Q1]
Konstantinov D. K., Menzorov A., Krivenko O., Doroshkov A. V. . Isolation and transcriptome analysis of a biotechnologically promising Black Sea protist, Thraustochytrium aureum ssp. strugatskii // PeerJ. 2022. Iss. 10. Article no e12737 (19 p.). https://doi.org/10.7717/peerj.12737
[WoS 2.984/Q2][SCOPUS 0.927/Q1]
Экспертное заключение: № 510, 2021
Индексация на момент включения в базу:
Web of Science
Web of Science
- Статус
- Да
- Импакт-фактор/Квартиль(год)
- 2.984/Q2 (2020)
- Идентификатор
- 000772661600005
- Статус
- Да
- Импакт-фактор/Квартиль(год)
- 0.927/Q1 (2020)
- Идентификатор
- 2-s2.0-85126270624
- Статус
- Нет
- ID
- 48192483
- EDN
- –
В публикации указано госзадание:
№ 121030100028-0 «Закономерности формирования и антропогенная трансформация биоразнообразия и биоресурсов Азово-Черноморского бассейна и других районов Мирового океана» (предыдущий номер АААА-А18-118020890074-2)